เพื่อเป็นการรักษาระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม และระบบการบริหารงานคุณภาพให้เป็นไปอย่างต่อเนื่องและยั่งยืน การนิคมอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทยและนิคมอุตสาหกรรมบางปะอิน จึงร่วมกันพัฒนานิคมอุตสาหกรรมบางปะอิน เข้าสู่ "เมืองอุตสาหกรรมเชิงนิเวศ" ซึ่งหมายถึง รูปแบบการพัฒนาอุตสาหกรรมที่ยั่งยืน บนพื้นฐานความสมดุล 5 มิติ 22 ด้าน ประกอบด้วย มิติกายภาพ มิติเศรษฐกิจ มิติสิ่งแวดล้อม มิติสังคม และมิติการจัดการ
ปัจจุบัน นิคมอุตสาหกรรมบางปะอิน ได้รับประกาศนียบัตร เป็นเมืองอุตสาหกรรมเชิงนิเวศระดับ ECO-CHAMPION
เมืองอุตสาหกรรมเชิงนิเวศ เป็นพื้นที่ซึ่งมีการพัฒนาอุตสาหกรรม โดยให้มีความเชื่อมโยงของนิคมอุตสาหกรรมกับกลุ่มโรงงาน องค์กร หน่วยงานท้องถิ่นและชุมชนโดยรอบให้เจริญเติบโตไปด้วยกัน ภายใต้การกำกับดูแลสิ่งแวดล้อมที่ดี